##########################################################################################

library(data.table)
library(optparse)
library(ArchR)

##########################################################################################
option_list <- list(
    make_option(c("--comine_data_file"), type = "character"),
    make_option(c("--out_path"), type = "character") 
)

if(1!=1){
    
    ## 整合atac和rna的文件
    comine_data_file <- "~/20231121_singleMuti/results/qc_atac_v2/all/testis_combined_peak.combineRNA.qc.Rdata"

    ## 输出
    out_path <- "~/20231121_singleMuti/results/bam"

}


###########################################################################################
parseobj <- OptionParser(option_list=option_list, usage = "usage: Rscript %prog [options]")
opt <- parse_args(parseobj)
print(opt)

comine_data_file <- opt$comine_data_file
out_path <- opt$out_path

dir.create(out_path , recursive = T)

##########################################################################################
 
a <- load(comine_data_file)

##########################################################################################

res <- data.frame( 
    barcode = rownames(testis_combined_peak_combineRNA@cellColData) ,
    cluster = testis_combined_peak_combineRNA@cellColData$seurat_clusters , 
    cell_type = testis_combined_peak_combineRNA@cellColData$cell_type)

res$barcode <- sapply(strsplit(res$barcode , "#") , "[" , 2)
res$cluster <- paste0( "cluster" , res$cluster )

out_file <- paste0( out_path , "/barcode_use.tsv" ) 
write.table( res , out_file , row.names = F , quote = F , sep = "\t" )
